Penyebab dari mutasi titik disebabkan oleh empat faktor yaitu, kesalahan selama replikasi DNA oleh mutagen, terputusnya ikatan oksigen-fosfat, substitusi pasangan basa, dan perubahan jumlah basa.

Kesalahan selama replikasi DNA oleh mutagen

Setiap sel menggandakan DNA nya melalui replikasi DNA sehingga dihasilkan rantai ganda DNA. Pada tahap ini mutagen dapat bereaksi, sehingga menyebabkan kesalahan pemasangan urutan basa nitrogen pada DNA

Terputusnya ikatan oksigen-fosfat

Mutagen dapat menyebabkan terputusnya ikatan ini, yang mengakibatkan protein yang disintesis dapat mengalami perubahan

Substitusi pasangan basa

Penggantian basa nitrogen dengan basa nitrogen yang lain, pada tahap ini mutagen dapat berperan.

Perubahan jumlah basa

Mutasi gen dapat disebabkan karena terjadinya perubahan jumlah basa nitrogen.

Jadi, yang bukan merupakan penyebab dari mutasi gen adalah kesalahan pada pembelahan sitoplasma.