Peristiwa Kotabaru dipicu oleh keengganan pihak tentara Jepang yang tidak mau menyerah, meskipun sudah kalah perang. Hal tersebut membuat para pemuda Yogyakarta segera mengambil alih seluruh kekuasaan tentara pendudukan Jepang. Puncaknya pada tanggal 7 Oktober 1945, para pemuda menyerang markas tentara Jepang di Kotabaru.

Pertempuran sengit pun terjadi dan akhirnya pemuda Yogya berhasil mengambil alih tangsi (barak) itu dan merebut persenjataan tentara Jepang. Dalam peristiwa penyerbuan Kotabaru ini, sebanyak 21 pejuang dan pemuda Yogyakarta gugur dan di pihak musuh 27 tentara tewas. Nama-nama para pejuang yang gugur inilah kemudian diabadikan menjadi nama jalan di sekitar kawasan Kotabaru.

Jadi, alasan utama para pemuda menyerbu kawasan Kotabaru pada Masa Perang Revolusi Kemerdekaan adalah "Jepang tidak mau mau menyerah meskipun sudah kalah perang".